针,修复花岗岩大十字架，并对教堂内外全面清洗及修葺。1986年，政府拨款5万元，维修石室全部钢窗，把所有窗户换上国产彩色玻璃。1990年，广州市政府拨款3万元，维修石室广场地面和教堂前的五级石阶。同年12月24日修复大时钟芯和南、西、北三向钟面。1992年，广州市政府拨款3万元修葺教堂内的四根大石柱。2004年7月18日，石室教堂全面维修工程正式动工，工程将分两期进行，已被广州市政府纳入“2010年一大变”的整体规划，维修费用除天主教自筹资金300万元外，其他大部分由广州市财政拨款支持。
现在，广州石室教堂是广东省、广州市天主教两会的所在地，也是天主教广州教区的主教座堂，现有神父5人，修女12人。每逢礼拜时间和圣诞节、复活节等宗教节日，都有众多的天主教信徒在这里过宗教生活，人数最多的圣诞节达到2000人。随着改革开放，来广州的外国人日益增多，为满足外国天主教徒的需要，石室教堂从1998年4月开始每周都专门为外国人安排了一台英语弥撒，由中国的神父用英语向外国信徒布道，受到外国友人的欢迎。石室教堂已成为广州市对外开放的一个窗口，曾接待过外国总统、总理、联合国秘书长等政要，以及众多外国友人。当地天主教会坚持独立自主自办原则，积极对外宣传我国的宗教信仰自由政策，开展与境外宗教团体的友好交往。石室教堂还是广州市的一大旅游景点，每年都有众多来自国内外的游客到此观光。
